常駐代表處的新政策明確廢止了過去一些檔中關於代表機構免稅或不予徵稅的規定，並規定各地稅務機關不再受理審批代表處企業所得稅免稅申請，還要求對過去已核准免稅的代表處進行清理。也就是對於國稅發〔2010〕18號檔發佈之前已經核准免稅的代表處，應該重新評估其是否仍然符合稅收協定中規定的免稅條件。如果符合，則應儘早到稅務機關遞交免稅申請。否則，代表處需按照實際利潤據實申報或者按照核定徵收辦法申報繳納企業所得稅。
稅務專家表示，這並不表明新政策取消了所有外企代表處的免稅待遇，而是進一步規範了代表處的減免稅管理。因為新政策還明確規定，代表處需要享受稅收協定待遇的，應依照相關稅收協定進行辦理，在發生納稅義務之前或者申報相關納稅義務時，按有關規定向主管稅務機關備案。
根據現行政策，常駐代表機構（代表處）申請享受稅收協定待遇主要有兩類：
第一類是：常駐代表機構（代表處）根據協定規定不構成常設機構的，可不在華申報繳納企業所得稅。
根據我國對外簽訂的雙邊稅收協定（安排）以及《國家稅務總局關於外國企業常駐代表機構是否構成稅收協定所述常設機構問題的解釋的通知》（國稅函〔1999〕第607號）的規定，如果外國企業在華設立的代表處專門從事以下6項業務的，不構成常設機構。
這些業務包括：專為儲存、陳列或者交付本企業貨物或者商品的目的而使用的設施，專為儲存、陳列或者交付的目的而保存本企業貨物或者商品的庫存，專為另一企業加工的目的而保存本企業貨物或者商品的庫存，專為本企業採購貨物或者商品或者搜集情報的目的所設的固定營業場所，專為本企業進行其他準備性或輔助性活動的目的所設的固定營業場所等等。
專家表示，對於擬根據稅收協定享受免稅待遇的代表機構而言，必須向稅務機關提供充分的證據和資料，以證明其所從事的業務屬於“準備性、輔助性活動”。這對於存在實際經營行為的代表處而言，可能存在很大的困難。
第二類是涉及國際運輸收入的，代表處可申請享受稅收協定的減免稅待遇。
在我國對外簽訂稅收協定的海運和空運條款中，或我國和對方國家就海運或空運簽訂的專門換函中，如果規定締約國一方居民在締約國另一方取得的海運或空運收入免稅，那麼該締約國居民的海、空運企業設在我國的代表處可以申請免稅待遇。免稅一般涉及的是所得稅的互免，如沒有明確規定免流轉稅的，不能享受免征營業稅的待遇。
比如，根據我國政府和新加坡政府簽署的避免雙重徵稅協定規定，對新加坡航空公司在我國從事國際運輸業務取得的收入和利潤，我國分別免予徵收營業稅和企業所得稅。也就是說，新加坡航空公司在華設立的代表機構如果僅為其總機構在華開展的運輸業務各環節為客戶提供服務的，可申請享受免征營業稅和企業所得稅的待遇。
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