外國企業常駐代表機構屬於非居民企業，相關企業所得稅的匯算清繳管理要求，應依據國家稅務總局關於印發《非居民企業所得稅匯算清繳管理辦法》的通知（國稅發[2009]6號）的規定執行。即代表機構應當自年度終了之日起5個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，並匯算清繳，結清應繳應退稅款；同時，代表機構在年度中間終止經營活動的，應當自實際經營終止之日起60日內， 向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。
《非居民企業所得稅匯算清繳管理辦法》（國稅發[2009]6號）規定法律責任：
（一）企業未按規定期限辦理年度所得稅申報，且未經主管稅務機關批准延期申報，或報送資
料不全、不符合要求的，應在收到主管稅務機關送達的《責令限期改正通知書》後按規定
時限補報。
企業未按規定期限辦理年度所得稅申報，且未經主管稅務機關批准延期申報的，主管稅務
機關除責令其限期申報外，可按照稅收征管法的規定處以2000元以下的罰款，逾期仍不
申報的，可處以2000元以上10000元以下的罰款，同時核定其年度應納稅額，責令其限期
繳納。企業在收到主管稅務機關送達的《非居民企業所得稅應納稅款核定通知書》（見附
件4）後，應在規定時限內繳納稅款。
（二）企業未按規定期限辦理所得稅匯算清繳，主管稅務機關除責令其限期辦理外，對發生稅
款滯納的，按照稅收征管法的規定，加收滯納金。
（三）企業同稅務機關在納稅上發生爭議時，依照稅收征管法相關規定執行。