《外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法》（國稅發[2010]18號）第六條明確規定：代表機構應在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，並按照《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。
在納稅申報方面，我們要注意以下四個方面的問題：
第一、取消了國稅發[2003]28號文中關於不予徵稅或免稅的代表機構，只需要在年度終了後的一個月內，申報其年度生產經營情況的申報要求。新辦法規定，自2010年1月1日起，
所有代表機構都應按國稅發[2010]第18號第六條規定的時限辦理納稅申報，使這些代表機構可以根據稅收協定享受待遇，也要按第六條規定期限進行申報。
第二、代表機構的營業稅實行的是按季申報，而不是按月申報，即在季後15日內向主管稅務機關申報繳納營業稅，即使當季沒有取得任何營業稅收入也要進行零申報。而對於代表機構的增值稅則不實行按月或按季申報，代表機構只需在其取得增值稅應稅收入的次月15日內到稅務機關進行申報納稅即可，如果當月沒有取得任何增值稅應稅收入，則無須向稅務機關進行增值稅申報。
第三、雖然國稅發[2010]18號對於代表機構的企業所得稅只是提出了按季申報的要求。但是，外國企業常駐代表機構屬於非居民企業，相關企業所得稅的匯算清繳管理要求應依據國家稅務總局關於印發《非居民企業所得稅匯算清繳管理辦法》的通知（國稅發[2009]6號）的規定執行。即代表機構應當自年度終了之日起5個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，並匯算清繳，結清應繳應退稅款；同時，代表機構在年度中間終止經營活動的，應當自實際經營終止之日起60日內，向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。
第四、代表機構在辦理註銷登記前，應就其清算所得向主管稅務機關申報並依法繳納企業所得稅。