【問題】
我單位是XXX省企業，準備補發2008年和2009年套改工資，人均13000元；同時還要補扣這兩年的年金，人均3600元。請問計算個人所得稅應納稅所得額時，年金是否可以作為扣減項？
【解答】
一、補發工資的處理：
《個人所得稅法》第八條規定，個人所得稅以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
第九條規定，扣繳義務人每月所扣的稅款，自行申報納稅人每月應納的稅款，都應當在次月15日內繳入國庫，並向稅務機關報送納稅申報表。
工資、薪金所得應納的稅款，按月計征，由扣繳義務人或者納稅義務人在次月15日內繳入國庫，並向稅務機關報送納稅申報表。特定行業的工資、薪金所得應納的稅款，可以實行按年計算、分月預繳的方式計征，具體辦法由國務院規定。
《個人所得稅法實施條例》第三十五條規定，扣繳義務人在向個人支付應稅款項時，應當依照稅法規定代扣稅款，按時繳庫，並專項記載備查。
第四十條規定，稅法第九條第二款所說的特定行業，是指採掘業、遠洋運輸業、遠洋捕撈業以及國務院財政、稅務主管部門確定的其他行業。
根據上述規定，個人所得稅是按個人實際收到款項時進行納稅，按月計征。目前允許分攤到各月進行計算的情況，應僅為特定行業，或者是如一次性解除勞動合同、一次性獎金等有明確規定的政策。
對於問題所述情況，原則上應按實際發放月份合併計算個人所得稅，但是現在各地也有不同規定，如《大連市地方稅務局關於明確調整個人所得稅若干政策問題的通知》（大地稅個[1997]101號）第一條規定，鑒於有的單位因資金短缺，對所屬人員月工資（不包括當月應領取的數月獎金，年終加薪、年終分紅等）數月集中支付；有的單位按照上級有關部門的規定標準調資，還有的晉職、晉級，其上調工資部分往往一次或分次補發。對確有上述情況的單位，報經主管地方稅務機關審核後，可按照納稅人應取得工資收入的所屬期間，計算繳納個人所得稅。
《廣東省地方稅務局關於對補發以往月份工資計算個人所得稅問題的通知》（粵地稅發[1999]239號）規定，對納稅人領取補發以往月份的工資（含津貼，補貼），可以把補發的工資分攤回所屬月份工資薪金所得合併計征個人所得稅。其計算公式如下：所屬月份補發工資應納稅額＝{[（所屬月份補發工資＋原所屬月份的工資薪金所得）-費用減除額]×適用稅率-速算扣除數}-原所屬月份已繳納的個人所得稅。
但陝西省未見對此明確規定，建議企業可與當地稅務機關進行協商。
二、年金的處理：
《國家稅務總局關於企業年金個人所得稅徵收管理有關問題的通知》（國稅函[2009]694號）檔規定，企業年金的企業繳費計入個人帳戶的部分（以下簡稱企業繳費）是個人因任職或受雇而取得的所得，屬於個人所得稅應稅收入，在計入個人帳戶時，應視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合併），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當期應納個人所得稅款，並由企業在繳費時代扣代繳。
對企業按季度、半年或年度繳納企業繳費的，在計稅時不得還原至所屬月份，均作為一個月的工資、薪金，不扣除任何費用，按照適用稅率計算扣繳個人所得稅。
根據上述規定，對於在補發工資時直接從個人應補發工資中扣除的以前年度年金個人繳納部分，不應從其應納稅所得額中扣除。
因此，問題所述的補扣年金3600元，不能從補發工資中扣除，補發工資的13000元則視當地是否允許分攤到所補發的所屬期中，如果允許分攤則將其加到各月工資中進行計算繳納個人所得稅，如果不允許分攤則應將13000元全部計入到所發放的月份中與當月實際取得的工資薪金合併計算繳納個人所得稅。