《中華人民共和國增值稅暫行條例》國家稅務總局令第22號 第八條第四項規定：購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：進項稅額=運輸費用金額×扣除率。
為減輕納稅人的增值稅負擔，修訂後的條例第八條對此項政策作了明確規定，並將允許抵扣進項稅額的範圍擴大至所有生產經營過程所支付的運輸費用。理解此項允許抵扣的進項稅額時，需要與條例第十條結合，即：對於不得抵扣進項稅額的貨物及勞務的運輸費用，以及銷售免稅貨物的運輸費用，是不得計算進項稅額予以抵扣的，由此不得抵扣的運輸費用包括：用於非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物所產生的運輸費用，非正常損失的購進貨物所產生的運輸費用，非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物所產生的運輸費用，國務院、稅務主管部門規定的納稅人自產消費品所產生的運輸費用。此外，銷售免稅貨物的運輸費用，也不得依據條例第八條的規定計算進項稅額予以抵扣。新修改的《增值稅暫行條例實施細則》第十八條規定，條例第八條第二款第（四）項所稱運輸費用金額，是指運輸費用結算單據上注明的運輸費用（包括鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）、建設基金、不包括裝卸費、保險費等其他雜費。
因此，准予抵扣的進項稅額=（運費+鐵建基金+臨管鐵路運費及新線運費）×7%。《國家稅務總局關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的補充通知》（國稅函[2003]970號）規定，中國鐵路包裹快運公司（簡稱中鐵快運）為客戶提供運輸勞務，屬於鐵路運輸企業。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包乾費、超重費、到付運費和轉運費，可按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。
抵扣時限：《國家稅務總局關於調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）對增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票的抵扣期限，由90天調整為180天。但此規定未包含鐵路運輸發票，鐵路運輸發票抵扣期限應根據《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收管理及運輸發票增值稅抵扣管理的公告》（國稅發[2003]120號）規定，因此鐵路運輸發票抵扣期限仍為90天。
另外，企業取得的匯總運費發票，對同一運價、同一起止地的多批次貨物運輸匯總開具運費發票，如發貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數量、運輸單價、運費金額等項目與購貨或銷貨發票上所列的有關專案相符，並附有運輸清單且加蓋運輸企業發票專用章的，其匯總運費發票可以抵扣。
截至目前，對丟失公路、內河貨物運輸統一發票暫未明確，所以企業如將尚未認證的《公路、內河貨物運輸統一發票》抵扣聯不慎丟失，應按主管稅務機關規定處理。