根據新政策規定，2010年1月1日起，所有代表機構都應在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，並按照《增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。
第一，代表機構應當自領取工商登記證件（或有關部門批准）之日起30日內，持工商營業執照副本或主管部門批准文件的原件及影本等有關資料向其所在地主管稅務機關申報辦理稅務登記，就其歸屬所得依法申報繳納企業所得稅，就其應稅收入依法申報繳納營業稅和增值稅。
第二，無論是否享受稅收協議的待遇，只要是按照有關規定設置帳簿的代表機構，根據合法、有效憑證記帳，能準確核算收入和成本費用，在辦理納稅申報時都應該遵循新政策的時限規定，即在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅。企業所得稅還應當自年度終了後5個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，並匯算清繳，結清應繳應退稅款。
增值稅納稅的具體納稅期限，由主管稅務機關根據納稅人應納稅額的大小分別核定；不能按照固定期限納稅的，可以按次納稅。以1個月或者1個季度為1個納稅期的，自期滿之日起15日內申報納稅；以1日、3日、5日、10日或者15日為1個納稅期的，自期滿之日起5日內預繳稅款，於次月1日起15日內申報納稅並結清上月應納稅款。
第三，當代表機構稅務登記內容發生變化或者駐地期屆滿、提前終止業務活動的，還應當辦理變更登記或者註銷登記。代表機構在辦理註銷登記前，應進行稅收清算，就其清算所得向主管稅務機關申報並依法繳納企業所得稅。
稅務部門有關人士介紹，由於代表處在辦理登出前需要向工商部門提供由稅務、銀行、海關等部門出具的稅務、債務和其他有關事宜清理完結的證明，程式和手續相對複雜，所以不少代表機構駐地期限屆滿或提前終止業務活動前都不願申請註銷登記，從而逃避納稅和債務償還義務。 [代表處申報納稅]
比如，深圳市工商部門曾調查發現，在當地駐地期限已經屆滿的2327戶代表處中，主動辦理了註銷登記的僅有163戶。稅務部門提醒，此舉存在多方面的處罰風險，代表機構應引起重視，主動積極地在經營行為終止或註銷登記前向有關部門申請清理事項，履行法定義務。
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