1、营业税是与物流企业关系最为密切的流转税税种。

　　《营业税暂行条例》规定，营业税原则上采取属地征收的方法，即纳税人在经营行为发生地缴纳应纳税款；但就从事运输业务的纳税人而言，其应当向机构所在地主管税务机关申报纳税。很明显，这一规定禁止了经营性货运车辆的异地开票行为，忽视了经营性货运车辆在返程途中可能产生的经济效益。比方说，机构所在地为杭州的某物流企业承揽了从杭州至上海的单程货运业务，将货物运抵目的地后，为了降低车辆空驶率，通常会在当地货运市场承接返程货运业务，此时，该物流企业作为承运人因其不能开具发票而会给托运人造成损失，但如果承运人愿意提供一定价格上的优惠并能与托运人达成协议，就可以选择以现金方式进行价款结算，从而获得账外收入。目前，在物流业多以现金方式进行款项结算就是很好的佐证。该物流企业将其返程途中产生的经营收入置于账外，而相关成本却在账内核算，这种财务核算方法使企业不但逃避了营业税及附加税（费），而且偷逃了企业所得税。 

　　2、服务范围外延的差异是现代物流业与传统物流业的区别之一。

　　传统物流业通常以提供客、货运输服务为主，而现代物流业的服务范围涵盖了运输、装卸、仓储、配送等多方面。现行税法将全程化物流作业切割成若干个应税项目，分别设定了不同的适用税率，如运输、装卸、搬运是3％，仓储、配送、代理是5％。以运输和配送为例，两者的税负存在差异而业务性质又较难区分，由于托运方可将所付运费的7％作为增值税进项税额予以抵扣，而支付的配送费、仓储费等则不允许抵扣。因此，在交易总额不变的情况下，托运方常授意物流企业在开具发票时人为地加大运费金额，减少配送、仓储等费用；而物流企业在核算应税收入时，也乐于调增低税率应税所得、调减高税率应税所得，从而降低其整体税负水平。 

　　3、为了加强对增值税进项税额抵扣的管理，国家税务总局《关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》规定从2003年12月1日起，国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。

　　凡比对不符的，一律不予抵扣。显然，该规定旨在遏制偷逃增值税税款的不法行为，但这种遏制作用更多地反映在形式上，却不能深入到经济行为是否真实的层面。事实上，有些符合自开票纳税人基本认定条件的物流企业，不顾自开票纳税人在“未提供货物运输劳务、非货物运输劳务及由其他纳税人（包括承包人、承租人及挂靠人）提供货物运输劳务”三种情况下不得开具货物运输业发票的规定，为其他纳税人开具货运发票，并以收取开票服务费作为牟利手段。 

　　4、成熟的物流企业会采取网络化运营模式，但目前很少有物流企业能以合并纳税的方式计缴企业所得税。

　　为了避免不能与下属企业盈亏相抵而多缴所得税税款，物流企业常以挂靠方式进行异地设点，这造成了货运市场的混乱。另外，托运方依据自身需要会与物流企业签订物流全程化合约，而该物流企业出于自身网络覆盖和经济效益的考虑，一般只操作其较为擅长的业务环节，并将相对薄弱的业务环节转包给其他物流企业。在此情况下，初承运方需按照全程化合约确定的所得额纳税，分承运方则需按照分包协议上确定的所得额纳税，这造成企业所得税的重复计缴。国家税务总局《货物运输业营业税征收管理试行办法》规定，对自开票纳税人的联运业务，以其向托运方收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计征营业税。但是，在企业所得税的计算上尚无类似规定。因此，物流企业为了避免多重计税，宁愿为托运方凑足发票数额以便其抵扣和做账而肆意借票。这扰乱了发票管理工作的正常进行。